Perlawanan rakyat Maluku terhadap penjajah timbul sebagai akibat penindasan kaum penjajah terhadap rakyat maluku. Penjajah telah melaksanakan praktik monopoli yang menyebabkan penderitaan, kemiskinan, kelaparan, dan kesengsaraan.
Pada saat itu, perlawanan rakyat Maluku dipimpin oleh Thomas Matulesy yang terkenal dengan nama Kapitan Pattimura Di samping itu, perlawanan rakyat Maluku dipimpin oleh Christina Martha Tiahahu, Anthonie Rhebok, Latumahina, Said Perintah, dan Thomas Pattiwael.
Serangan rakyat maluku dimulai pada tanggal 15 Mei 1817 dengan menyerbu pos Belanda di Porto. Residen van den Berg dapat ditawan, tetapi kemudian dilepas. Keesokan harinya rakyat mengepung Benteng Duurstede dan berhasil merebutnya dengan penuh semangat. Seluruh isi benteng termasuk Residen van den Berg beserta keluarga dan para perwira lainnya dibunuh. Rakyat maluku berhasil menduduki benteng Duurstede.
Setelah kejadian itu, Belanda mengirimkan pasukan yang kuat dari Ambon lengkap dengan persenjataan di bawah pimpinan Mayor Beetjes. Ekspedisi ini berangkat tanggal 17 Mei 1817. Dalam perjalanan yang melelahkan, pada tanggal 20 Mei 1817 pasukan itu tiba di Saparua dan terjadilah pertempuran dengan pasukan Patimura. Pasukan Belanda dapat dihancurkan dan Mayor Beetjes mati tertembak.
Kemenangan rakyat Saparua mempengaruhi daerah lain menyerbu benteng-benteng Belanda. Di Seram, Ambon, Hitu, dan Haruku timbul perlawanan rakyat terhadap Belanda. Pada bulan Juni - Juli 1817 pos-pos pertahanan Belanda di Larike, Hila, Lubu, dan Benteng Zeelandia diserang. Pada tanggal 25 Juni 1817 Belanda melakukan serangan kembali terhadap pertahanan Pattimura di Saparua.
Belanda berusaha mengadakan perundingan dengan Pattimura, tetapi tidak berhasil. Peperangan terus berkobar, Belanda terus-menerus menembaki daerah pertahanan Pattimura dengan meriam, sehingga Benteng Duurstede terpaksa dikosongkan. Pattimura mundur, benteng diduduki Belanda, tetapi kedudukan Belanda dalam benteng menjadi sulit karena terputus dengan daerah lain. Belanda minta bantuan dari Ambon. Setelah bantuan Belanda dari Ambon yang dipimpin oleh Kapten Lisnet dan Mayer datang, Belanda mengadakan serangan besar-besaran (November 1817). Serangan tersebut meyebabkan pasukan Pattimura terdesak. Banyak daerah yang jatuh ke tangan Belanda. Para pemimpin perlawanan rakyat juga banyak yang tertangkap, seperti Antonie Rhebok, Thomas Pattiwael, Pattimura, Raja Tiow, Lukas Latumahina, dan Johanes Matulessi.
Tertangkapnya para pemimpin rakyat Maluku yang gagah berani tersebut menyebabkan perjuangan rakyat Maluku melemah dan akhirnya dapat dikuasai oleh Belanda.